在资本运作方面，申新集团始终坚持安全、谨慎、适量、合规的原则。集团在中长期投资方面的成功案例为投资上海复星医药集团股份有限公司（600196）和兴业证券股份有限公司（601377）两家上市公司。

1994年，集团斥资378万元投资入股复海药业（1996年更名的复星科技）。 1998年，复星科技将生物医药板块改制为上海复星实业股份有限公司并成功上市，申新集团遂成为复星医药的原始股东，每年均有较好的投资回报。申新集团最多时持有复星医药800多万流通股，目前还持有270万股流通股。

1999年，集团得悉福建兴业证券将脱离兴业银行，并进行增资扩股。集团即与福建方面取得联系。最终，集团投资9000万元持有兴业证券6000万股发起人股，并列为兴业证券第二大股东。 2010年兴业证券成功上市。目前公司持有兴业证券27344.2万股流通股，是兴业证券第三大股东。

申新集团利用自身流动性好的优势，将暂时闲置的流动资金或进入股票市场进行新股申购；或通过银行渠道购买短期理财产品。这类投资快进快 出,操作自如,既提高了资金的利用率,又能获得较好的投资回报，资金的安全性相对较高。申新集团资本运作的收益达到了一个亿。

申新集团目前主要的投资渠道是借力大华集团的股权投资公司参与基金投资，已先后投资了泡泡玛特、中信建投等项目，获得了丰厚的投资回报。